从SEO 角度来看，优化网站结构要达到以下几个目的。
1:用户体验
用户访问一个网站必须能够不假思索的自如点击链接，找到自己想要的信息。这有赖于良好的导航系统，适时出现的内部链接，准确的锚文文字。从根本上说，用户体验好的网站也是搜索引擎喜欢的网站，用户在网站上的行为也很快可能被计入排名算法中。
2:收录
网站页面的收录在很大程度上依靠良好的网站结构。理论上，清晰的网站结构很容易说清楚，只要策划好分类或频道，然后在分类下假如产品页面，整个网站自然形成树形结构。在实际操作中。大中型网站往往会形成一个异常复杂的连接结构，怎样使搜索引擎蜘蛛能顺利爬行到所有内部页面是一个很大的挑战。
3:分配权重
除了外部链接能给内部页面带来权重外，网站本身的结构及链接关系是内部页面权重分配的重要因素。那些页面具备比较高的排名能力，取决于页面的权重。SEO人员必须有意识的规划好网站所有页面的重要程度，通过链接结构把权重倾向重要页面。
4:锚文字
锚文字是排名算法很重要的一部分，网站内部链接锚文字是站长自己能控制的，所以是最主要的增强关键词相关性的方法之一。在这方面维基百科是SEO人员应该学习的典范，其内部链接及锚文字使用达到了非常高的水平。